Les Sous-Marins sont des lieux de The Wind Waker. Ils sont construits dans des sortes de gros barils et flottent à la surface de l'eau, partiellement immergés. À l'intérieur, on retrouve toujours plusieurs ennemis, et tous les vaincre fait tomber une échelle au fond, qui permet d'accéder à une petite salle avec un coffre, qui lui-même contient un trésor. Une exception existe à l'Île de la Bombe, où l'échelle ne tombe pas, mais où le coffre apparaît de lui-même, dans la partie inférieure du Sous-Marin. En outre, beaucoup de Sous-Marin possèdent une spécificité: celui de l'Île de la Bombe est le seul où des meubles sont installés, celui de l'Île de la Terre le seul avec des bombes au sol, celui de l'Îlot Septentrional des Fées possède des chandeliers auquel Link doit s'accrocher ...
Il existe en tout 7 sous-marins, parfois gardés par des Bokoblins installés sur des radeaux non loin. Il arrive aussi que Biggle fixe un Sous-Marin avec son télescope. On retrouve, de même, une carte spéciale au Batodrome, la Carte des Sous-Marins.
Liste des Sous-Marins et des trésors à gagner[]
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